Le Conseil d’État a jugé (426168) que les clauses d'une convention qui définissent les règles d'organisation et de fonctionnement du fichier national d'identification des animaux d'espèces non domestiques et précisent les modalités d'établissement, de contrôle et d'exploitation des données traitées par la personne qu'elle agrée, présentent un caractère réglementaire.

Les articles L. 413-6 et R. 413-23-6 du code de l'environnement disposant que l'agrément du gestionnaire du fichier national d'identification des animaux d'espèces non domestiques doit être accordé conjointement par les ministres chargés de l'environnement et de l'agriculture, la convention doit également être signée du ministre de l'agriculture.

La Cour administrative d'appel de Marseille a confirmé par un arrêt du 18 novembre 2019 (18MA00578) que l'obligation d'identification génétique des chiens que leur détenteur fait circuler sur les voies publiques de la commune est une mesure de police de la compétence du maire. Contrairement à ce qu'avait décidé le juge en référé, elle confirme cependant l'annulation prononcée par le tribunal administratif au motif de l'absence de proportionnalité aux nécessités de l'ordre public et aux exigences de salubrité publique.

Un animal dont il n'est pas possible de vérifier l'identification, du fait du refus de l'éleveur d'assurer la contention, peut être légalement considéré comme non identifié.

Les contrôles d'identification animale réalisés dans le cadre de la conditionnalité peuvent parfois manquer d'une base légale.

L'article L221-4 du code rural et de la pêche maritime prescrit l'envoi à l'abattoir de tout bovin, ovin ou caprin non identifié. Ses modalités d'application sont fermement encadrées mais restent délicates.