Le contrôle de l'application de la règle de SPAV repose certes sur la réalisation de contrôles sur le terrain par des agents affectés à cette mission, mais aussi sur l'organisation de la remontée d'informations au travers des services de contrôle et des organisations professionnelles ou des représentants d'usagers. Ce dispositif doit entrainer, parallèlement aux sanctions des manquements, des adaptations de la règle aux particularités du terrain.
Le contrôle absolu, permanent et systématique des règles est impossible techniquement, financièrement et socialement. Le contrôle doit être réalisé de façon ciblée, avec le minimum de perturbations et dans un souci constant de recherche d'efficacité.
Pour cela il convient de l'appuyer sur une analyse de risque et une analyse d'impact.
L'analyse de risque consiste à identifier les prescriptions les plus protectrices de la santé publique, ou de l'ordre public en général, et de concentrer les contrôles sur les sites où ces prescriptions sont les plus nécessaires. Cette analyse conduit généralement à privilégier le contrôle des gros volumes, dont des sites de grande taille mettant en œuvre les techniques les plus sensibles ou les produits les plus fragiles.
L'analyse d'impact recherche à identifier les contrôles qui auront le plus d'impact sur la confiance et ceux dont l'absence présente le plus le risque au regard de cette confiance. Pour les premiers, on privilégie généralement le contrôle d'acteurs ayant une forte visibilité professionnelle ou médiatique et qui sauront faire savoir qu'ils ont été l'objet d'un contrôle, voire de sanctions. Cet aspect est un facteur important d'acceptabilité du contrôle par les assujettis: le contrôle doit être équitable et ne pas épargner les puissants.
La définition des contrôles dont l'absence présente le plus de risque est très délicate. Il s'agit d'identifier les sites dont il ne faut pas que l'on puisse dire qu'il n'ont pas retenus l'attention de l'autorité alors même qu'ils présentent des caractéristiques sensibles. Bien entendu, ces caractéristiques varient selon la sensibilité des média et du public. On peut retenir néanmoins le contrôle des établissements qui portent une marque de garantie sanitaire de l'autorité publique. On retiendra ici les établissements qui bénéficie d'un agrément ou d'une autorisation ou encore d'une exemption au caractère un peu exceptionnel; et d'une façon générale, les établissement dont la défaillance sanitaire pourrait spécifiquement être reprochée au services de contrôle.
Il conviendra également de faire porter les contrôles sur les sujets sensibles. Certains sont permanents et universels tels la santé des bébés, des enfants et des femmes enceintes. D'autres sont plus transitoires ou localisés comme le traitement des animaux lors de leur mise à mort en abattoir ou l'épandage des produits phytopharmaceutiques près des habitations. L'identification de ces points de contrôle ressortit plus à l'analyse sociologique et médiatique qu'à la compétence vétérinaire ou agronomique. Cependant, bien souvent elle procède surtout du bon sens et nécessite plus de savoir remettre en question des habitudes et préjugés que de réaliser de savantes études statistiques.
Le contrôle a un effet pédagogique bien établi. La personne contrôlée est généralement dans un état psychologique tout à fait propice à un apprentissage rapide. Cependant, sa persistance peut être de faible durée. Fonder la stratégie de contrôle sur ce mode d'apprentissage des règles impose des services de contrôle très étoffés. En effet, cela revient revient à privilégier le cours particulier qui plus est à domicile. Or l'effet pédagogique d'un contrôle tient certes à la volonté de bien faire de la personne contrôlée, mais surtout à la crainte des conséquences fâcheuses du contrôle qu'elles prennent la forme d'une sanction pénale, d'une mesure administrative ou d'une publicité inopportune.
Dès lors, une stratégie de contrôle à la fois économe des deniers publics et soucieuse de perturber a minima le fonctionnement des établissements contrôlés, s'appuiera sur un plan de communication très développé visant à faire connaître à toutes les personnes concernées non seulement les contrôles réalisés mais surtout les sanctions appliquées. Cette stratégie privilégie des contrôles pas très nombreux mais vigoureusement sanctionnés et dont les sanctions sont fortement médiatisées. Cependant, le nombre de contrôle doit maintenir la conviction que la probabilité d'être contrôlé n'est pas nulle tant chez les personnes soumises aux contrôles que dans l'opinion publique.
Le contrôle n'est pas absolu
Le contrôle se fonde sur une analyse de risques
Le contrôle se fonde sur une analyse d'impact
L'effet pédagogique du contrôle
La médiatisation de la santion