La maîtrise des mouvements des animaux terrestres nécessite la mise en place de diverses contraintes administratives : les élevages, mais aussi les opérateurs tels les négociants ou certains transporteurs doivent se déclarer; les activités dont le risque sanitaire est élevé doivent être préalablement autorisées; des registres doivent être tenus à jour; les États membres doivent mettre en place des système d'identification composés de repères posés sur les animaux, de registres tenus par les opérateurs, de documents accompagnant les animaux et de bases de données où les mouvements seront enregistrés. Les produits germinaux doivent être marqués.

Grâce à ce dispositif administratif complétés par les obligations de certificat sanitaire ou d'autodéclaration les mouvements des animaux, de leurs produits germinaux et des produits d'origine animale et, particulièrement ici, ceux entre États membres, pourront être régulés.

La maîtrise des mouvements des animaux aquatiques nécessite la mise en place de diverses contraintes administratives plus légère que pour les animaux terrestres: les élevages doivent se déclarer; ceux dont le risque sanitaire est élevé doivent être préalablement agréés; des registres doivent être tenus à jour.

Sur la base de ce dispositif administratif, le respect des exigences des certificats sanitaires ou des documents d'autodécla-ration accompagnant les animaux ou leurs produits dans les échanges entre États membres, assure la sécurité sanitaire.