Les mesures de police prises dans le cadre de la santé publique agronomique et vétérinaire touchent essentiellement les activités de production agricole végétales et animales, les activités de commerce des animaux et des végétaux et les activités de production de denrées alimentaires. C'est donc la liberté d'entreprendre, appelée liberté du commerce et de l'industrie, qui est la première concernée par ces restrictions. De même le droit de propriété est fréquemment restreint par ces mesures de police.
Mais certaines mesures peuvent également toucher la liberté de circulation, la liberté religieuse voire celle de détenir un animal.
La formule consacrée de la «liberté du commerce et de l'industrie», que le Conseil constitutionnel depuis une décision de 1982 appelle également «liberté d'entreprendre», prend sa source dans
Ce sont ces deux textes qui constitueront les premières normes écrites de référence des tribunaux. Ainsi, le Conseil d'État confirmera la condamnation comme «privilège exclusif et contraire aux lois sur la liberté du commerce» de la décision de la ville de Montauban se réservant la vente de morue et autres poissons dessalés sous sa halle et la concédant à un particulier (18 décembre 1882).
Le Conseil d'État, dans un arrêt du 22 juin 1951 (Daudignac), après avoir cité ce texte dans ses visas, a déclaré contraire à «la liberté de l'industrie et du commerce garantie par la loi» la soumission à autorisation préalable par un maire de l'activité de photographe-filmeur.
Le Conseil d'État censurera le 22 mai 1896 un arrêté municipal établissant un monopole au profit de l'abattoir d'une commune pour violation du «principe de la liberté du commerce et de l'industrie inscrit dans la loi des 2,17 mars 1791».
Cependant comme le dit la loi des 2-17 mars 1791 la liberté du commerce et de l'industrie ne dispense nullement de se conformer aux règlements de police. Ainsi l'ordre public peut prendre le pas sur la liberté du commerce dans une balance que le juge administratif veillera à maintenir équilibrée.
La Spav est très souvent amenée à restreindre la liberté du commerce et de l'industrie par exemple en soumettant une activité d'élaboration de denrées alimentaires à une autorisation (agrément), en interdisant le commerce des animaux ou des végétaux contagieux, en imposant que les animaux soient identifiés ou que le transport des animaux soit réalisé par une personne ayant reçu une formation.
Le droit de propriété bénéficie d'une protection particulière en droit français, puisqu'il est visé dans la déclaration des droits de l'homme, qui a valeur constitutionnelle : « La propriété étant un droit inviolable et sacré, nul ne peut en être privé, si ce n'est lorsque la nécessité publique, légalement constatée, l'exige évidemment, et sous la condition d'une juste et préalable indemnité. »
L'intérêt particulier du propriétaire a reculé devant l'intérêt social. De droit inviolable et sacré, la loi et la jurisprudence en ont fait un droit relatif. Ainsi la loi a imposé, en raison de l'intérêt général, des restrictions au propriétaire. Que l'on pense aux règlements d'urbanisme qui empêchent un usage libre de la propriété foncière ou au droit de l'environnement qui restreint l'usage des spécimens protégés.
L'activité administrative de santé publique agronomique et vétérinaire porte atteinte au droit de propriété notamment par les ordres de destruction des végétaux, d'abattage des animaux ou de destruction de denrées. Cependant, la "saisie" ou décision de retrait de la consommation humaine, de même que la consigne des produits, ressortissent sans doute plus à des atteintes à la liberté du commerce.
La liberté de circulation ou liberté d'aller et venir est un droit qui n'est établi que de façon jurisprudentielle. Le Conseil constitutionnel a jugé le 12 juillet 1979 que la liberté d’aller et venir est un principe à valeur constitutionnelle et le 5 août 1993 que des nécessités d’ordre public justifient que soit portée atteinte à ce principe. Les restrictions portées à ce droit doivent êtres justifiées et adaptées.
C'est essentiellement lors d'épizootie, tout particulièrement de fièvre aphteuse, qu'il peut être porté atteinte, pour des motifs de santé publique agronomique et vétérinaire, à la libre circulation des personnes en interdisant temporairement certains passages de personnes, vecteurs de contagion.
Inscrite à l'article 18 de la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen, reprise par la Convention européenne de sauvegarde des droits de l’homme et des libertés fondamentales (art. 9) la liberté religieuse se confronte avec les principes de protection animale dans le cadre de l'abattage rituel.
La liberté du commerce et de l'industrie
Le droit de propriété
La liberté de circulation
La liberté religieuse