L'article L233-2 du code rural et de la pêche maritime instaure en droit national le régime d'autorisation, appelé agrément ou agrément sanitaire, prévu par les règlements 852/2004 et 853/2004 et prévoit sa suspension et son retrait en cas de non conformité.
Le délai d'instruction de deux mois, et son éventuelle prolongation, au-delà duquel la demande est réputée rejetée, est fixé par l'article R233-1 du CRPM.
L'article R233-2 du CRPM impose l'exercice d'un recours gracieux avant tout recours contentieux contre une décision de rejet de demande d'agrément.
L'arrêté du 8 juin 2006 relatif à l'agrément sanitaire des établissements mettant sur le marché des produits d'origine animale ou des denrées contenant des produits d'origine animale, modifié en dernier lieu par l'arrêté du 19 mai 2020, fixe la procédure générale d'agrément, les modalités de dérogation pour le commerce de détail ne livrant pas qu'à des consommateurs, les modalités de prestation de service et les règles d'agrément particulières à certaines activités : ateliers collectifs, abattoirs, tanneries et centres de collectes de matière première pour la fabrication de la gélatine ou du collagène, navires-usines, navires-congélateurs ou navires de pêche de coquillages, marchés de gros et halles à criée.
Une procédure particulière pour l'agrément des abattoir temporaires a été établie par l'arrêté du 18 décembre 2009 relatif aux règles sanitaires applicables aux produits d'origine animale et aux denrées alimentaires en contenant (appendice 1 de l'annexe V).
NOTE : L'arrêté du 8 juin 2006, depuis sa modification de 2012, traite également de l'agrément zoo-sanitaire qui n'a pas de véritable rapport avec l'agrément sanitaire prévu par le règlement 853-2004. L'agrément zoo-sanitaire est un sujet traité dans le cadre de la santé animale.