Les modalités de contrôle administratif en matière d'hygiène des denrées sont encadrées par
- le règlement 882/2004 relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions relatives à la santé animale et au bien-être des animaux
et
- le règlement 854/2004 fixant les règles spécifiques d'organisation des contrôles officiels concernant les produits d'origine animale destinés à la consommation humaine.
Les suites administratives, décrites par ces règlements, sont juridiquement définies par des dispositions nationales du Code rural et de la pêche maritime.
Ces modalités distinguent les règles générales applicables à tous les contrôles, les contrôles de process propres aux établissements agréés au titre du règlement 853/2004 et les mesures particulières de contrôles de certains produits et tout particulièrement des viandes fraîches.