En juin 2011, seize enfants ont été victimes d'un syndrome hémolytique et urémique qui a pris son origine dans la consommation de viande hachée. La cour de cassation a jugé (19-82171) que le non respect par le fabriquant du plan de maîtrise sanitaire, dans sa dernière version approuvée par l'administration, constitue une violation délibérée d'une obligation de prudence et de sécurité prévues par le règlement 178/2002 et justifie la condamnation pour délit de blessure involontaire.

Le Conseil d'Etat (433067) considère que c'est des dispositions des articles R. 231-13 et  R. 214-81 que le ministre chargé de l'agriculture tire sa compétence pour définir les normes sanitaires applicables aux abattoirs ainsi que les modalités d'application des règles de l'Union en cette matière, y compris en ce qu'elles prévoient des dérogations.

L’article 27 du règlement 882/2004 du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels fixait jusqu'au 14 décembre 2014 le principes de taxes et redevances destinées à financer les contrôles officiels. La Cour européenne de justice, à l'occasion d'une question préjudicielle (C-477/18 et C-478/18), précise le 19 décembre 2019, les modalités de son application et notamment la prise en compte des personnels administratifs, l'utilisation de barèmes forfaitaires, mais aussi l'impossibilité de financer par ce moyen d'autres frais de l'autorité compétente et notamment ceux liés à la préparation de situation de crise. Ces principes sont compatibles avec les dispositions des articles 78 à 85 du règlement 2017/625.

Le Conseil d’État, par un arrêt du 25 novembre 2019 (435989), a considéré que la requête en suspension de l'instruction technique 2019-365 du 2 mai 2019 qui diffuse, à destination des restaurants collectifs, un message de prévention recommandant de ne pas faire consommer de lait cru et de fromages au lait cru aux enfants de moins de 5 ans, ne démontre pas l'existence d'un préjudice suffisamment grave et immédiat et n'est donc pas de nature à caractériser une situation d'urgence.

Dans l’affaire C‑347/17, ayant pour objet une demande de décision préjudicielle introduite par les Pays-Bas, la Cour européenne de justice a jugé le 12 septembre 1219 que

- selon le règlement 853/2004, la notion de « contamination » en matière de volailles englobe non seulement la contamination par la matière fécale, mais également la contamination par le contenu du jabot et par la bile;

- une carcasse de volailles ne doit plus présenter de contamination visible après le stade du nettoyage et avant le stade de la réfrigération.

La Cour de cassation confirme dans un arrêt (18-82707) du 12 juin 2019 qu'il appartient, aux termes du règlement 2073/2005, au fabricant ou à l'opérateur d'une denrée alimentaire prête à être consommée ne respectant le critère d'absence de Listeria monocytogenes dans 25 grammes, de démontrer, à la satisfaction de l'autorité compétente, que le produit respectera la limite de 100 Ufc/g pendant la durée de conservation.

Le fait de laisser sur le marché une denrée alimentaire prête à être consommée contenant Listéria monocytogenes associée au non respect de l'obligation d'étude de durée de vie microbiologique validée par l'administration constitue le délit de non-retrait ou rappel de produits d'originale animale ou de denrées en contenant préjudiciables à la santé prévu par l'article L237-2 du CRPM.

Saisi par un tribunal des Pays-Bas d'une question préjudicielle, la Cour de justice de l'Union européenne s'est prononcée par un arrêt (C98-18) du 2 mai 2019 sur la non conformité au règlement 853/2004 d'une réfrigération des viandes d'ongulés domestiques achevée dans un véhicule frigorifique stationné dans un abattoir.

La Cour administrative d’appel de Paris a jugé que les contrôles menés en vue de la recherche d'infractions aux dispositions régissant la vente au détail de médicaments vétérinaires dans les pharmacies d’officine étaient réalisés en application des dispositions du code de la santé publique quand bien même le procès verbal aurait été établi au visa du seul article 215-3 du code de la consommation.

La Cour de cassation a jugé le 6 novembre 2018 (17-81703) que le non-respect, par un enquêteur, de l'obligation d'informer préalablement le procureur de la République des opérations envisagées affecte nécessairement la validité de tous les actes effectués conjointement avec d'autres enquêteurs, même non soumis à cette contrainte.

L'article 7 du règlement 882/2004 sur les contrôles institue la confidentialité des informations collectées lors des contrôles. Bien sûr cette confidentialité s'efface devant la nécessité d'assurer la sécurité des consommateurs. La Cour de Justice européenne a précisé dans un arrêt du 11 avril 2013 (C-636/11) les modalités possibles de la priorité de la sécurité sur la confidentialité.