Le contrôle de l'identification des animaux et du respect des règles de notification des mouvements est confié à des agents spécialisés appartenant à certaines catégories d'agents publics.
Ces agents sont dotés de pouvoirs particuliers leur permettant de réaliser ces contrôles. Ils peuvent notamment consulter les bases de données et entrer sur une exploitation. Certains d'entre eux peuvent dresser procès-verbal des infractions constatées.
Les modalités de ces contrôles sont spécifiquement encadrées.
En cas de non respect des règles, les contrôles peuvent engendrer des décisions administratives de police tel l'envoi de l'animal non identifié à l'abattoir ou de sanction administrative au travers d'une réduction des aides.
Quand ces anomalies constituent des infractions des sanctions pénales peuvent être prononcées.