La révolution juridique du passage par les règlements européens n'a pas fait disparaître la totalité du droit national de sécurité sanitaire des aliments. Certes, toutes les dispositions nationales entrant dans le domaines des prescriptions imposées aux professionnels pour la mise sur le marché de denrées alimentaires ont disparues instantanément avec l'entrée en vigueur en 2006 du "paquet hygiène". Mais deux domaines du droit national ont perduré.
En premier lieu celui que le droit européen a volontairement maintenu, soit en laissant une part de liberté et de souplesse aux États membres dans les règles applicables à certains aliments (méthodes traditionnelles, commerce de proximité, contraintes culturelles,...), soit en laissant aux États membres le soin de fixer, dans une sorte de droit national dérivé du droit européen, les modalités d'application des règles européennes (fixation du classement des zones de récolte des coquillages par exemple).
En second lieu parce que le traité de l'Union européenne ne donne pas de compétences à l'Union sur les sujets d’organisation administrative, et notamment de mise en œuvre des contrôles, et de sanctions pénales. Sur ces sujets, les règlements ne sont pas d'application directe en ce sens qu'ils ne crée pas la règle de droit mais impose aux États membres de la créer conformément aux lignes directrices qu'ils tracent.
le droit national est donc encore riche de nombreuses dispositions qui sont d'une part, pour les lois et décrets, regroupés au titre III du livre II du code rural et de la pêche maritime (partie législative et partie réglementaire), et d'autre part, pour ce qui concerne les normes applicables aux exploitants, aux établissements et aux denrées, dans une vingtaine d'arrêtés ministériels listée ci-dessous.