L'identification des animaux est une étape majeure dans la maîtrise des risques que leur utilisation intensive et mondialisée fait courir. Elle a ainsi été rendue progressivement obligatoire pour les différentes espèces d'animaux domestiques d'élevage (bovins, ovins-caprins, porcins) ou d'agrément (chiens, chevaux).
Depuis les années 2000 l'identification animale a été complétée par le traçage de certains animaux (bovins, ovins-caprins, porcins) pour lesquels les changements de lieux de détention sont déclarés et enregistrés. Il est ainsi possible en cas de contamination, de retrouver l'ensemble des autres animaux qui ont été en contact.
Les règes d'identification ont été établies au niveau européen par le moyen de directives et désormais, quand la santé publique est en cause, de règlements pris en application de l'article 168 du traité sur le fonctionnement de l’Union européenne. Cependant l'organisation de l'identification et les sanctions applicables aux infractions sont de compétence nationale.