Au delà des règles imposées aux détenteurs des animaux sur l'identification de leurs animaux ou la déclaration de leurs mouvements, l'identification des animaux doit être organisée: choix technique des modes d'identification, mise en place de fournisseurs de repères d'identification conformes, normalisation et édition des documents d'accompagnement, gestion des bases de données,...
Cette organisation diffère d'une espèce à l'autre tant pour des raisons historiques que techniques ou économiques.