Le contrôle de l'hygiène des activités de manipulation d'aliments peut être:
- judiciaire: il vise à vérifier l'application de la loi et en cas d'écart à en tirer les conséquences pénales;
- administratif dans les cas où il s'agit de vérifier les conditions d'une autorisation tel un agrément, ou d'évaluer une situation de risque pour préparer des mesures de prévention (enquête épidémiologique par exemple).
Les règles de contrôle judiciaire sont communes à l'ensemble de la santé publique agronomique et vétérinaire. Les règles de contrôle administratif sont propres au domaine des aliments.
Pour plus de détails sur la distinction entre les deux contrôles.