Les règles d'hygiène communes à l'ensemble des produits alimentaires qui sont fabriqués à un stade postérieur à la production primaire,  sont fixées d'une part par l'annexe II du règlement 852/2004 et d'autres part par quelques règles nationales notamment pour ce qui concerne le transport, le maintien de la chaîne du froid, la restauration collective et le commerce de détail.